chmod 777 setta i permessi lettura/scrittura/esecuzione a "concesso" per tutti (proprietario, gruppo, altri)
chmod +x setta i permessi di esecuzione a "concesso" per tutti (proprietario, gruppo, altri)
In teoria non dovrebbe sesserci differenza, ma sembra che lo script di installazione (un file .sh è uno script, aprilo come file di testo per vedere come mai gli importa) ci faccia caso per capire chi è l'utente che vuole installare il programma. La cartella
/home/utente/jd2 indica che lo ha installato solo per il tuo utente, non per il resto del sistema.
In genere, tutte le cose che non si installano come pacchetto .deb sono un casino enorme da disinstallare o gestire.
Per mè è una ragione sufficiente per usare applicazioni già impacchettate o quando devi proprio compilarle da sorgente di impacchettarsele da soli (in modo che sia facilmente disinstallabile da Synaptic/Gestione Pacchetti) con tool come checkinstall.
https://help.ubuntu.com/community/CheckInstall
Per uno script come quello è più complesso, ma spiegato qui (io non ho mai avuto bisogno di farlo quindi non garantisco niente)
http://askubuntu.com/questions/27715/cr ... 7731#27731
RIguardo al
javaembeddedframe, sembra un bug causato dall'interazione tra Cinnamon/GNOME (interfaccia utente) e la versione di java usata. Alcuni hanno risolto (in passato) togliendo la spunta su "riduzione ad icona" e installando
alltray che riduce programmi ad icona senza usare java.