In generale è sempre meglio avere un sistema installato ex-novo, quindi non fare l'upgrade da una versione precedente (tipo una beta). Non che ci debbano essere per forza problemi, ma non si sa mai. Quindi ti consiglierei di installare la 3.1 (il supporto di scrittura ntfs è completo anche lì, credo non manchi nulla) o di aspettare qualche giorno per la 4.0 stabile.