¿Testdisk reparará los errores físicos que detecte automáticamente o debo seleccionar alguna opción determinada para que lo haga?
No, los sectores dañados fisicamente no se pueden reparar por un software, lo unico que se puede hacer es "Blacklisting" "Ponerlos en lista negra", para que el sistema de archivos no utilize ese espacio y se corrompa/dañe. Testdisk es solo para acceder a particiones dañadas, reparar la tabla de particiones y recuperar datos.
Para esa tarea, existe el comando:
Nota: si formateas la particion, tienes que volver a hacer "blacklisting". Solo funciona con particiones con sistema de archivo GNU/Linux.